Im 9. oder 10. Jahrhundert erfolgte die Gründung des Ortes Neukirchen und ca. 1150 ein erster Kirchbau. Im Jahre 1223 war die erste urkundliche Erwähnung von Neukirchen. Politisch gehörte der Ort seit 1360 zum Amt Miselohe im Herzogtum Berg.
1555 erhielt Neukirchen ein eigenes Gericht. Am 16. Dezember 1582 bekannte sich der Ort zum protestantischen Glauben. 1600 wurde das Neukirchener Gericht mit dem Schlebuscher Gericht vereinigt. Der Ort wurde 1630 im Zuge des Dreißigjährigen Krieges niedergebrannt. Darauf folgte 1704 ein zweiter nachgewiesener Kirchenbau. 1781 wurde die Kirche abgerissen und der Neubau im bergischen Barockstil begonnen. 1784 war die Einweihung der neuen, heutigen evangelischen Kirche.
Von 1795 bis 1807 war Neukirchen von französischen Truppen besetzt. Bis 1807 unterstanden Neukirchen und Witzhelden einer gemeinsamen Mairie. Anschließend gehörte Neukirchen zum Kanton Opladen im Arrondissement Düsseldorf im Département Rhin. 1815 erfolgte die Gründung der Rheinischen Krautfabrik; im gleichen Jahr kamen das Rheinland und damit auch Neukirchen an das Königreich Preußen. Zunächst gehörte der Ort zum Kreis Opladen und seit 1819 zum Kreis Solingen. Im Jahre 1820 wurde die Gemeinde Neukirchen bei der Teilung der Bürgermeisterei Witzhelden zur Bürgermeisterei Opladen zugeschlagen. 1851 erfolgte die Trennung von Opladen; Neukirchen wurde eine selbständige Gemeinde.
Am 24. August 1857 erhielt Neukirchen Stadtrechte. Im Jahre 1881 bekam Neukirchen durch die Eisenbahnlinie Opladen–Lennep einen Anschluss an das Eisenbahnnetz. 1901 wurde der Bahnhof gebaut.
Um Verwechselungen zukünftig auszuschließen, wurde Neukirchen in Bergisch-Neukirchen umbenannt. 1909 wurde der Kirchturm aufgestockt und eine Zwiebelhaube aufgesetzt. 1910 begründete der Schraubenfabrikant Max Tillmanns den „Tillmanns Park“, der seit 1988 im Besitz der Stadt ist.
1911 stiftete Albert Römer das Kriegerdenkmal für die Gefallenen der Einigungskriege 1866 und 1870/71. Das Denkmal war nach einem Entwurf des Charlottenburger Bildhauers Arnold Künne geschaffen und vor der evangelischen Kirche aufgestellt worden.
Im Jahre 1964 wurde der Name der Stadt Bergisch-Neukirchen in Bergisch Neukirchen geändert.
Am 16. März 1960 wird die katholische Pfarrgemeinde „Heilige Drei Könige zu Bergisch Neukirchen“ im Verband der Kirchengemeinde Pattscheid, St. Engelbert errichtet. Die neue Gemeinde besteht aus Teilen der bisherigen Gemeinden in Pattscheid, Lützenkirchen, Quettingen und Opladen. Mit Wirkung vom 15. Mai 1963 wird das Rektorat zur selbständigen Rektoratpfarrei erhoben. Erster Pfarrer wurde Arnold Zimmermann, der zugleich Pfarrer in Pattscheid war. Gottesdienste fanden zunächst im dafür angemieteten Saal der Gaststätte Tillmanns statt. Am 6. Juni 1971 wird die katholische Kirche Hl. Drei Könige eingeweiht.[2]
Am 1. Januar 1975 wurde Bergisch Neukirchen zusammen mit Opladen und dem bis dahin Monheimer Ortsteil Hitdorf in die Stadt Leverkusen eingegliedert.[3] Seitdem gehört Bergisch Neukirchen zum Leverkusener Stadtbezirk II.
Von 1979 bis 1984 erfolgte eine Restaurierung der evangelischen Kirche und des Turmes.
Am 31. Mai 1992 war die letzte Fahrt des Schienenbusses auf der Bahnstrecke. Die Strecke ist teilweise demontiert worden, der ehemalige Verlauf ist aber noch an der Bahntrasse zu erkennen. Außerdem existieren noch alte Unterführungen am Bahndamm. Die Strecke ist aber stark zugewachsen. Nach einem Plan des Vereins der Freunde und Förderer der Balkantrasse e. V. soll sie auf der Balkantrasse ein Fahrradweg gebaut werden. Doch die Stadt Leverkusen beteiligt sich noch nicht an diesem Bauvorhaben.
Nachträglich wurde das Projekt abgeschlossen. Dieses geschah privat finanziert und gefördert durch den Verein der Freunde und Förderer der Balkantrasse Leverkusen e. V. Durch Spendenaktionen und Mitgliedsgelder wurde die Erschließung der Trasse realisiert. Dabei wurden rund 400.000 Euro aufgebracht. Dafür verpflichtete sich der Förderverein gegenüber der Stadt Leverkusen für die nächsten 20 Jahre für den Unterhalt und die Pflege des gesamten Grundstückes.
Am 29. Mai 2014 wurde die Balkantrasse als Panorama Radweg-Wanderweg eröffnet. Die Balkantrasse ist damit von Leverkusen-Opladen bis Remscheid-Lennep als Radweg befahrbar.